1、期中申报缴税
期中申报故名思议，就是指当某公司的会计年度超过6个月，需要在该会计年度开始之日起计满6个月后，在其后2个月内提交前6月的税务申报表，并缴纳相应税金（也可简单理解为税务半年报）。
2、最终申报缴纳
需要在财务年度结束后2个月内，依据股东大会展示的财务报告为基础，进行税务申报并缴纳相应税金（主要为法人税、法人居民税、事业税等）。但如果日本公司因特殊事件而无法按时申报税务（如审计工作未结束而无法形成财务报告，或其他不可抗力因素），可向日本税务署申请延期报税，当税务署署长同意后，日本公司报税时间才能延后。
需要注意的是，无论日本公司的税务申报工作是否获得延期批准，该公司缴纳税金的时限也不能延长。如果依据公司财报计算出的应缴纳税款中，已经包含了期中税款，则可以进行抵扣。
同时，日本政府为有效区分所辖的税务待遇，将所辖的税务居民申报的税务申报书，分为白色申报书和蓝色申报书两类。其中提交蓝色申报书的税务居民，能够享受部分税务优惠。想要获得税务蓝色申报书，就需要在当期财务年度开始前，依照相应格式向日本税务署提交申请；而对于新成立的日本公司或新设立的日本分支机构，则需要在该公司（机构）成立满3个月后，或首个会计年度结束前，递交蓝色税务资格申请文件。
由于日本实行大陆法系（虽然后期受英美法系影响进行部分改革，但主体仍依照大陆法系实行），日本政府征收的税种较多且杂，需要委托专业的税理士进行。因此对待日本公司的税务申报工作千万不可马虎大意。
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